遺伝子発現情報を使い倒す〜Transcriptome Sequenceによる遺伝子発現解析の実際〜

<h3>遺伝子発現情報を使い倒す〜Transcriptome Sequenceによる遺伝子発現解析の実際〜</h3> <p> </p> <div id="image"><a href="http://togotv.dbcls.jp/20100709.html#p01"><img class="right" src="http://togotv.dbcls.jp/images/20100709_0.jpg" width="240" alt="遺伝子発現情報を使い倒す〜Transcriptome Sequenceによる遺伝子発現解析の実際〜" title="遺伝子発現情報を使い倒す〜Transcriptome Sequenceによる遺伝子発現解析の実際〜"></a></div> <p>本日の統合TVは、2010年6月23, 24日に<a href="http://dbcls.rois.ac.jp/">ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)</a>にて開催された<a href="http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjing/ddbjing22.html">AJACS &amp; 第22回DDBJing 講習会 in 東京</a>より、DBCLSのリサーチアシスタント<a href="http://twitter.com/iNut">iNut</a> による「遺伝子発現情報を使い倒す〜Transcriptome Sequenceによる遺伝子発現解析の実際〜」をお送りします。 </p> <p>次世代シーケンサを使ったRNA-seqの解析例として<a href="http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml">Bowtie</a>、<a href="http://tophat.cbcb.umd.edu/">TopHat</a>、<a href="http://cufflinks.cbcb.umd.edu/">Cufflinks</a>を使った方法について紹介しています。 </p> <p>当日の資料は<a href="http://g86.dbcls.jp/~iNut/chateautogo/?p=41">コチラ</a>のリンクからたどれます。約30分です。 </p> <p> </p> <div id="movie" align="center"> <script type="text/javascript" src="js/jquery-1.3.2.min.js"></script><script type="text/javascript" src="js/jquery.scrollTo-min.js"></script><script type="text/javascript" src="js/swfobject.js"></script><div id="preview"> <span class="en"><a href="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer">Get the Flash Player</a> to see this movie.</span><span class="ja">この動画を再生するにはAdobe Flash Player (無料)が必要です<br><a href="http://www.adobe.com/jp/products/flashplayer"><img src="http://togotv.dbcls.jp/css/get_flash_player.gif"></a><br>また、JavaScriptをOnにする必要があります。<br>Keywords: RNA-seq,deep sequence,bowtie,TopHat,Cufflinks,FASTQ,SAM,NGS</span> </div> <script type="text/javascript"> function play(flashvars){ var s1 = new SWFObject('movie/player.swf','player','854','500','9'); 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if (e) {e.style.display == '' ? e.style.display = 'none' : e.style.display = ''; }"><div id="plugin-netabare-3" style="display:none"> <p>スライドをクリックすると、その場面から動画をご覧になれます。</p> <a href="http://togotv.dbcls.jp/20100709.html?0#p01"><img class="left" src="http://togotv.dbcls.jp/images/20100709_1.jpg" width="240" alt="遺伝子発現情報を使い倒す〜Transcriptome Sequenceによる遺伝子発現解析の実際〜" title="遺伝子発現情報を使い倒す〜Transcriptome Sequenceによる遺伝子発現解析の実際〜"></a> <a href="http://togotv.dbcls.jp/20100709.html?33#p01"><img class="left" src="http://togotv.dbcls.jp/images/20100709_2.jpg" width="240" alt="次世代シークエンサー(NGS)によるRNA-seq" title="次世代シークエンサー(NGS)によるRNA-seq"></a> <a href="http://togotv.dbcls.jp/20100709.html?98#p01"><img class="left" src="http://togotv.dbcls.jp/images/20100709_3.jpg" width="240" alt="RNA-seq mapping tools" title="RNA-seq mapping tools"></a> <a href="http://togotv.dbcls.jp/20100709.html?150#p01"><img class="left" src="http://togotv.dbcls.jp/images/20100709_4.jpg" width="240" alt="次世代シークエンサーによるRNA-seq解析の流れ" title="次世代シークエンサーによるRNA-seq解析の流れ"></a> <a href="http://togotv.dbcls.jp/20100709.html?257#p01"><img class="left" src="http://togotv.dbcls.jp/images/20100709_5.jpg" width="240" alt="次世代シークエンサーによるRNA-seq解析の流れ" title="次世代シークエンサーによるRNA-seq解析の流れ"></a> <a href="http://togotv.dbcls.jp/20100709.html?662#p01"><img class="left" src="http://togotv.dbcls.jp/images/20100709_6.jpg" width="240" alt="fastqファイルをgenomeにmapping" title="fastqファイルをgenomeにmapping"></a> <a href="http://togotv.dbcls.jp/20100709.html?978#p01"><img class="left" src="http://togotv.dbcls.jp/images/20100709_7.jpg" width="240" alt="gtfファイルの処理の一例" title="gtfファイルの処理の一例"></a> <a href="http://togotv.dbcls.jp/20100709.html?1114#p01"><img class="left" src="http://togotv.dbcls.jp/images/20100709_8.jpg" width="240" alt="cufflinksによる出力と結果" title="cufflinksによる出力と結果"></a> </div> </div> <p><a href="http://togotv.dbcls.jp/20100709.html#c">ツッコミを入れる</a></p>
[情報元] 統合データベースプロジェクト '統合TV (togotv)'のRSSフィードから
[閲覧数] 134  [掲載日] 2010-07-28
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